استاد الهی برای دست‌یابی به اصول پایه‌ای و حقایق سیر کمال تنها به مطالعه‌ی تئوری اصول بنیادین مذاهب و سنت‌های جهانی ناشی از آنها بسنده نکرد. او تمامی آنها را در زندگی واقعی و در ارتباط با دیگران در بوته آزمایش قرار داد.
وجه متمایز در «معنویت فطری» استادالهی آن است که او برای کشف چگونگی و روش تکامل روح، بر عقل و منطق تکیه می‌کند، نه بر احساسات. برخلاف آنچه عموم تصور می‌کنند، هدف از معنویت، دگرگونی هوشیاری از طریق تمرینات خاص، مانند ریاضت و تمرکز و غیره، نیست. برای استاد الهی، عمل به معنویت فطری به ما امکان می‌دهد تا در چهارچوب یک زندگی طبیعی و مفید در اجتماع، کم‌کم به درجه‌ی دقیق‌تر و والاتری از آگاهی و هوشیاری نسبت به خصوصیات خویش برسیم.
این روش جدید از نوع تمرین در خودگرایی روانشناسانه نیست. برعکس، این روش ریشه در تجربه و عمل دارد. هرچه بیشتر خویشتن را بشناسیم، می‌توانیم طبیعت خویش را کم‌کم تغییر بدهیم و با تلاش لازم و مداوم برای بوجود آوردن این تغییر، به درجه‌ی بالاتری از خودشناسی برسیم. با این کار، با نیروها و تنش‌هایی که باید به آنها فائق شویم آشنا شده و به تفاهم بیشتر و دقیق‌تری از آن اصول اخلاقی و معنوی که پایه‌ی عمل‌مان بر آن قرار دارد خواهیم رسید.
تا خود را نشناسیم، نمی‌توانیم خدا را بشناسیم. اولین قدم در خودشناسی هم فائق شدن بر خودخواهی و خودپسندی است.
چنین معنویتی، معنویت «فطری» نام گرفته، زیرا ریشه در فطرت ذاتی انسان دارد. روح مانند ارگانیزمی است، و باید از طریق اصول صحیح تغذیه شود تا سلامت آن حفظ شده و تکامل تدریجی و متعادل آن تضمین شود. درچنین زمینه‌ای است که شبکه‌ی سه‌گانه‌ی جسم، زندگی اجتماعی و محیط اهمیت حیاتی می‌یابد. به همین دلیل است که استاد الهی، بر خلاف روش مرسوم در معنویت سنتی، تکیه فراوان بر اهمیت مساوی بین حقوق جسم و حقوق روح دارد.
در عمل، سیر پیشرفت برای رسیدن به خودشناسی محتاج به رویارویی مستحکم و مداوم با خواسته‌ها و امیال «نفس اماره» است، که منبع مقاومت در قبال پیشرفت اخلاقی و معنوی است. این نیروی درونی هوس‌باز و مکار ریشه در نقاط ضعف ما دارد که خود عبارتند از فعالیت بی قاعده‌ی آن خصوصیات شخصیتی که منبع حیوانی دارند. نفس اماره، نیروی روانی مخربی است که از طریق تمایل دائمی به تجاوز به حقوق – چه حقوق دیگران و چه حقوق خودمان – خودنمایی می‌کند. برای شناسایی شکل‌ها و حالات مختلف فعالیت آن باید دائماً توجه به انجام اعمال اخلاقی داشته باشیم، یعنی باید به حقوق همه چیز و همه کس احترام بگذاریم، نوع‌دوست باشیم و با تمایلات نفس حیوانی خویش مبارزه کنیم. در این روش است که استاد الهی توجه دائم به هدف نهایی و داشتن نیت خالص برای رضای خدا را دارای اهمیت فراوان می‌داند.
معنویت فطری، با توضیح دادن شرایط سیر طبیعی پیشرفت روح، به برنامه‌ای تحصیلی می‌ماند که از مراحل خاصی در پیشرفت معنوی تشکیل شده باشد. در حالی که هدف ادیان واقعی پایه‌گذاری اخلاقیات و پی‌ریزی حیات معنوی است، مرحله‌ی «دانشگاهی» سیر کمال ادامه‌ی همان روش تحصیلی است، به منظور تکامل انسانیت. در این مرحله است که کار واقعی خودشناسی از راه نبرد دائمی با امیال و هوس‌های بی پایان نفس اماره شروع می‌شود.
استاد الهی این برنامه تحصیلی را، که زندگی زمینی ما در حکم مرحله‌ی آمادگی آن است، به مطالعه‌ی علم طب تشبیه می‌کند. همانطور که درعلم طب، قوانین و فرایندهای حاکم بر سلامت و رشد جسم را می‌آموزیم، در معنویت طبیعی نیز موضوع مطالعه‌ی ما شامل قوانین و فرایندهای حاکم بر سلامت و رشد طبیعی روح است. از آنجا که تمام انسان‌ها طبیعتی ذاتاً یکسان دارند، اصول «طب روح» نیز مانند اصول حاکم بر علم پزشکی یا هر علم دیگری، عمومیت دارد. بنابراین، معنویت فطری به هیچ فرهنگ، زمان یا مکانی وابسته نیست. هرکس می‌تواند از عمل به آن بهره ببرد، به‌شرط آنکه با روحیه‌ی یک دانشجو یا محقق با آن روبرو شود، بدون این که توقع ارضای نفس از راه بدست آوردن حال و کیف و یا آرامش درونی را داشته باشد.
مطالعه‌ی طب روح یعنی آموختن حقایق الهی حاکم بر پیشرفت خود و عمل به آنها – و هیچکس دیگر نمی‌تواند این کار را برای ما انجام دهد جز خودمان. استاد الهی، پس از عمری تجربه‌ی شخصی، به این نتیجه رسید که رابطه‌ی مرید و مرادی، که تقریباً در تمام شکل‌های معنویت سنتی دیده می‌شود، برای آموزش معنویت فطری مناسب نیست. در این راه لازم است هرکس با نیروی عقل و منطق خویش به معنویت عمل کرده و تلاش کند تا طبیب روح خودش بشود. چنین کاری از راه اطاعت کورکورانه و اجبار ممکن نیست، بلکه باید با آزادی و اختیار و تفاهم کامل انجام شود.