تألیفات استاد الهی که تا کنون انتشار یافته عبارت است از: برهان‌الحق (۱۳۴۲ش/۱۹۶۲م)، حاشیه بر حق‌الحقایق (۱۳۴۶ش/۱۹۶۷م) و معرفت‌الروح (۱۳۴۸ش/۱۹۶۹م) و تعلیمات شفاهی استاد در دو جلد با عنوان آثارالحق (۱۳۵۶و۱۳۷۰ش/۱۹۷۸ و۱۹۹۲م) که به کوشش فرزندش دکتر بهرام الهی مدون شده است.
برهان‌الحق
کتاب برهان‌الحق در سال ۱۳۴۲ شمسی (۱۹۶۲م) منتشر شد. این کتاب اولین بررسی مستند و جامع از تاریخ، منشأ، اعتقادات، اصول بنیادین، اصل آئین و مرام اهل حق است. این کتابِ تحقیقی، مرجعی است برای محققان و مستشرقانی که مایل به پژوهش درباره‌ی مرام اهل حق‌اند، و در عین حال راهنمایی است برای جماعت اهل حق، تا از اصل و منشأ آئین خود شناخت صحیح به دست آورند.
انتشار برهان‌الحق رویدادی مهم در تاریخ مرام اهل حق به شمار می‌آید زیرا اصول این مرام تا پیش از انتشار این کتاب تدوین نشده بود. جماعت اهل حق در مناطق مختلف جغرافیایی (عراق، سوریه، ترکیه، هند، آذربایجان و ایران) پراکنده‌اند و در گذر زمان، تحولات گوناگونی در آئین‌شان پدید آمده است که می‌توان رد پای آن را در اجرای گونه‌گون آداب سنتی، و تفاوت‌هایی در اعتقادات بنیادین‌شان مشاهده کرد. این تفاوت‌ها منجر به شکل‌گیری گروه‌هایی، گاه مخالف یکدیگر شده است که علی‌رغم اختلافاتشان، همگی خود را پیرو واقعی این مرام می‌دانند. از سوی دیگر، مخفی نگاه داشتن آداب و رسوم آئینی اهل حق، هرگونه تلاش برای وحدت عقیدتی را دشوار ساخته است.
با توجه به اختلافات داخلی و با در نظرگرفتن ناآگاهی پیروان از اصول و ارکان مرام‌شان، تفحصی دقیق به منظور روشن کردن اصول و ارکان اهل حق ضروری به نظر می‌رسید. خاصه اینکه نوشته‌های برخی از پژوهشگران بیگانه بر آشفتگی ماجرا می‌افزود. استاد می‌نویسد: «…آنچه را به عنوان سّر مکتوم نگه داشته‌اند، یا به علت بی‌سوادی و بی‌اطلاعی نتوانسته‌اند به اشخاص بفهمانند، خارجی‌ها با بیانات تحقیرآمیز و وهن‌آور، بلکه توأم با تهمت‌های ناروا انتشار داده‌اند.»
استاد الهی، تحقیقاتش را بر پایه‌ی شناختی عمیق از متون مقدس اهل حق (کلام‌ها) و سایر ادیان، خاصه اسلام، و نیز آگاهی کامل بر علم تفسیر و تأویل انجام داده است. در فصول کتاب، مقولاتی از عقاید اهل حق از جمله پیدایش عالم، رمزگشایی اصطلاحات، اصل مظهریت، مُعادشناسی، مراحل مختلف حقیقت و غیره به تفصیل شرح داده شده است. مؤلف در این فصول مراتب مختلف دین را شرح می‌دهد و اختصاصاً بر ُبعد معنوی و درونی ادیان تأکید می‌کند. ملحقات کتاب شامل پاسخ استاد الهی به پرسش‌هایی است که خوانندگان پس از نخستین چاپ کتاب مطرح کرده‌اند.
سبک نگارش برهان‌الحق خاص و دقیق است. دقتی موشکافانه در آن به کار رفته که حاصل بررسی انتقادی و دقیق تمامی منابعِ موجود است. علاوه بر این نکات، عقاید گروه‌های مختلف اهل حق در کتاب فهرست شده و گاه‌شمار دقیق آن استخراج شده است.
برهان‌الحق، سندی است محکم و نقادانه از سنتی که اگر همتی برای ثبت و ضبط دقیق آن نمی‌شد، اصول و ارکان حقیقی آن به مرور از بین می‌رفت. این کتاب، به علاوه، پرده از کاربست‌های معنوی خالص نیز برمی‌دارد. از این رو در کنار اقدام به روشن کردن مسائل داخلی اهل حق، نشانه‌ها و توصیه‌ها‌یی برای درک صحیح سلوک معنوی بدون پافشاری بر آئین یا مرام خاصی، صرفاً بر پایه‌ی معنویت حقیقی در آن یافت می‌شود.
برهان‌الحق تا به امروز بارها تجدید چاپ شده است.
بخشی از کتاب
فصل پنجم
ارکان مسلک اهل حق چهار رکن است و روی چهار پایه قرار دارد … پاکی و راستی و نیستی و رِدآ و چنین توجیه می‌شود:
• «پاکی» چون به طور مطلق گفته شده، معنی عام می‌دهد و شامل هر شیئی که استعداد پاکیزگی داشته باشد می‌شود، از این‌رو اهل حق باید ظاهر و باطنش از هر حیث و هر جهت و به هر اسم و رسم پاک باشد. یعنی در ظاهر جسم و لباس و مکان و کسب و خوراکش و در باطن افکار و گفتار و رفتار و کردارش تماماً طیب و طاهر و بی‌غل و غش باشد.
• «راستی» راه راست رفتن است، و آن بجای‌آوردن اوامر و ترک نواهی خدا است. بعبارة‌اخری بندگی به خدا و پرهیز از دروغ و گناه را راه راست گویند … .
• «نیستی» یعنی نیست و نابود کردن کبر و غرور و خودپسندی و خودخواهی و هوی و هوس نفسانی و طغیان شهوانی و تمام رذائل اخلاقی از خودش و به طور مطلق تسلیم مقدرات شود، غیر از رضای خدا چیزی نخواهد، و بعبارة‌اخری از خود بی‌خود و فنافی‌الله گردد؛ به اصطلاح عرفا و حکما بعد از طی مرحله‌ی رضا به مقام تسلیم که آخرین مرحله‌ی عرفان است رسیده باشد.
• «ردآ» خدمت و کمک و فداکاری بی‌ریا نسبت به مخلوق خداست، چنان باشد “رنج خود و راحت یاران طلب” بر او صدق کند. (سپس استاد الهی معنای خاص‌تری از این رکن چهارم را بسط می‌دهد مبنی بر اینکه سالک به سطحی برسد که “مظهر اراده و فعل خدا گردد.”)