معرفت‌الروح که در سال ۱۳۴۸ شمسی (۱۹۶۹م) انتشار یافت، حاصل پژوهش‌های گسترده‌ی استاد در الهیات و فلسفه و تتبعات عمیق او در ابعاد گوناگون روح انسان است. این کتاب از تألیفات نظری استاد الهی به شمار می‌آید و تدوین آن، در نیمه‌ی دوم قرن بیستم، به نظر می‌آید از آن جهت باشد که استاد می‌خواسته سیستم منطقی مباحثات فلسفی- دینی را احیا کند. اما هدف از آن بسی فراتر از بحث‌های نظری است. استاد الهی، از طریق استدلال و بنا بر سبک و سیاق معمول در سنت متافیزیکی، که خود به خوبی به آن احاطه دارد، نوافلاطونیان را به ابن سینا و ملاصدرا ارتباط می‌دهد، و حاصل پژوهش‌ها و کشفیات اشراقی خود را با آن مباحث نظری و استدلالی درمی‌آمیزد. تقریرات استاد حاصل تجربه‌های درونی است که به موازات براهین منطقی، از قطعیت خاص خود برخوردار است؛ امری که در سنت اسلامی به آن «کشف» می‌گویند. کشف به معنای تجسم درونی از دریافت شهودی و ملموسِ واقعیت‌های عقلانی یا نامشهود است.
در معرفت‌الروح نظام دوگانه‌ای حاکم است که اصالت آن را باعث می‌شود: استدلال و برهان عقلی همراه با کشف و شهود. در مورد نخست، استدلال‌های عقلی استاد حاوی اشاراتی تلویحی به محدودیت بحث‌های صرفاً عقلانی و فلسفی است، حال آنکه در مورد دوم، در مبحث سیرکمال روح، درهای بسته‌ی بحث‌های عقلانی و فلسفی را به روی افق‌های گسترده‌ی معنوی باز می‌گشاید.
معرفت‌الروح، چنانکه از نامش پیداست، به مسائل روح می‌پردازد، مسائلی چون اثبات وجود روح و بقای آن، و نشان می‌دهد که روح طی زندگی‌های متوالی چه مراحلی را باید بپیماید تا به مقصد نهایی خود، یعنی کمال برسد. موضوعات دیگری از قبیل وجود خدا، عالم برزخ، معاد و رستاخیز نیز در این کتاب مورد بررسی قرار گرفته است. در مورد هر یک از این مسائل، استاد از دیدگاه‌های مختلف به بحث و استدلال می‌پردازد و برخی از آن‌ها، خاصه نظریه‌ی تناسخ را مردود می‌شمارد.
در این مباحث، باید جایگاه ویژه‌ای برای فصل هفتم قائل شد که محور اصلی کتاب به شمار می‌آید. در این بخش، استاد الهی توضیحات دقیقی درباره‌ی نظریه‌ی کلی تکامل و جنبه‌های مختلف سیرکمال روح و نیز شرح تازه‌ای از برزخ و طرز اقامت روح در این فضای معنوی می‌دهد. در همین بخش است که چرخه‌ی زندگی‌های متوالی، تحت شرایط حاکم بر سیر کمال روح در این جهان و عالَم بعد مطرح می‌شود.
استاد الهی، با تشریح اصل زندگی‌های متوالی، یکی دیگر از مفاهیم اصلی مشی فکری خود را عرضه می‌کند. بر مبنای همین نکته‌ی خاص است که پاسخ‌های منطقی بر بی‌عدالتی‌های مشهود در جهان داده می‌شود. اصل زندگی‌های متوالی مبحثی چالش بر‌انگیز است چرا که از یک‌سو مورد پذیرش همه‌ی متشرعین نیست و از سویی دیگر، با بخشی از نظریه‌ی تناسخ که مغایر با فلسفه‌ی سیرکمال است، مخلوط شده است.
استاد الهی همچنین ساختار متافیزیکی انسان را مورد بررسی قرار می‌دهد و نقش روح بشری و روح ملکوتی را در فرایند سیر کمال و نحوه‌ی ارتباط بین این دو را تشریح می‌کند.
در طول کتاب، استدلال‌های عقلی، نقلی و وحیانی، به موازات هم و در ارتباط با یکدیگر، به مباحثی منجر می‌شوند که از سرشتی فلسفی به معنای یونانی آن برخوردار است و در عین حال، با مباحث معنوی ناشی از سنت‌های مذهبی، پیوندی محکم دارند. از هدف‌های معرفت‌الروح یکی تبیین این معنی است که نظریه‌ی سیرکمال نه تنها سازگار با اصول ادیان الهی است، بلکه می‌توان آن را نتیجه‌ی منطقی بر‌آمده از آن اصول به شمار آورد.
بخشی از کتاب
فصل هفتم
حال که ذکری از برزخ شد، بی‌مناسبت نمی‌داند شمه‌ای از چگونگی برزخ جهت روشنی ذهن طالبین بیان نماید:
برزخ، عالمی است فاصله‌ی بین دنیای مادی و سرای جاودانی که عاری از ابعاد مکانی و گردش زمانی می‌باشد. یعنی از حیث وسعت مکانی طوری نامحدود است، فرضاً جمیع موجودات اولین و آخرین دفعتاً واحده در آن مجتمع گردند، کوچک‌ترین خللی به وسعت و حجم نسبی آن وارد نخواهد شد، چنانکه هر آنچه از خاطرات و مقولات در ذهن و مغز بشر وارد شود، ولو بیش از حد تصور هم باشد، مع‌ذلک ممکن است همگی را محفوظ بدارد بدون اینکه در وسعت و حجم مغز، کم و زیادی پدید آید. و از حیث گردش زمانی هم برای هر فردی از افراد موجودات، بر حسب سرنوشت و استحقاق اعمالش، یک نوع مدت زمانی جریان دارد. چنانکه ممکن است مدت یک سال عالم برزخی از لحاظ تطبیق واقعی، با مدت یک سالِ حساب شمسی کره‌ی زمین به اختلاف موارد، متفاوت باشد. مثلاً از یک سال تا حداقل یک ثانیه مدت زمان کره‌ی زمین، برابر باشد با یک ثانیه تا حداکثر یک سال عالم برزخ یا بالعکس.
مضافاً تصور نشود که مدت زمان عالم برزخ، خواه یک ثانیه‌ی آن برابر یک سال شمسی کره‌ی زمین به شمار آید یا بالعکس، اثر تخیلات و توهمات می‌باشد. یعنی مانند رؤیای خیالی خواب نیست که اگر شخصی فرضاً در خواب، مکان وسیعی با جمعیت کثیری به مدت طویلی بیش از وسعت و مقدار قابل تصور ببیند، لیکن هنگام بیداری اثر وضعی از هیچ‌یک آن‌ها باقی نباشد. آری، در آن عالم برزخ که عالم مثالی است مدار زمان و مکان، روی پایه‌ی نشآت معنوی پایدار خواهد بود، نه تجسمات حجم و عِدت و مَدت مادیِ عالم ناسوتی. بعبارة اخری از آن نشآت برای هر کس هرچه رخ دهد عین واقع و حقیقت محض است.
اینکه عالم برزخ به اعتباری عالم مثال نامیده شده، بدین مناسبت است: چون هر موجودی در این دنیای مادی ناسوتی، هنگام مرگ به هر شکل و هیکل و هیئتی باشد به همان کمیت و کیفیت در عالم برزخ هویدا خواهد شد، و به هر محیطی هم که در دنیای مادی برای سیر تکامل ناقص داشته در عالم برزخ، محیطی به مثل همان محیط و به همان مدتی که لازم است عیناً برایش آماده و مجسم می‌شود… .
نکته‌ی دیگر که باید مورد توجه قرار داد آن که: تفاوت بین عالمِ دنیایِ مادی با دنیای عالم برزخی (از ادنی به اعلی) به همان نسبت است که رحم مادر برای جنین و محیط آزاد برای نوزاد؛ همچنین تفاوت نسبی بین ظلمت و نور قیاس شود.