در سال ۱۳۳۶ شمسی (۱۹۵۷م)، استاد، پس از قریب به ۲۷ سال اشتغال به شغل اداری و قضایی، به درخواست خود بازنشسته شد و در تهران اقامت گزید. همین فراغت، به‌تدریج به افرادی‌چند امکان داد تا بیشتر با او آشنا شوند و از آن به بعد زندگی‌اش یکسره وقف تألیف، تعلیم، و موسیقی شد. حاصل این دوره، تألیف دو کتاب تحقیقی به نام‌های برهان‌الحق (۱۳۴۲ش/۱۹۶۲م) و معرفت‌الروح (۱۳۴۸ش/۱۹۶۹م) و رساله‌ای بر شرح برخی اصطلاحات حق‌الحقایق تألیف پدرش، حاج نعمت‌الله، به نام حاشیه بر حق‌الحقایق (۱۳۴۶ش/۱۹۶۷م) است. یکی دیگر از تأثیرات این فراغت، جلساتی غیر رسمی بود که استاد در آن، در پاسخ به سؤالی و یا با مطرح شدن موضوعی، مبحثی اخلاقی یا ارشادی را برای حضار که اغلب از نزدیکان و دوستان او بودند برمی‌گشود. همچنین گاهی در دیداری با محققان یا شرق‌شناسانی که به جست‌وجوی حقیقتِ شرق به دیدارش می‌شتافتند، با زبانی ساده و عاری از استعاره به آنان پاسخ می‌داد. شاگردانی چند در این جلسات این گفتارها را به نوشته درآوردند. یادداشت‌های حاصل از این جمع‌های دوستانه، بنیاد کتابی به نام آثارالحق شد که در دو جلد به چاپ رسیده است.

در همین دوران، موسیقی او نیز به گوش جان برخی نشست. علاوه بر شهادت آنان بر مهارت بی‌بدیل او، تأثیرات روح‌نواز موسیقی او دهان به دهان گشت، به طوری که آوازه‌اش به‌عنوان استاد معنوی و موسیقی‌دانی بی‌مانند، به‌رغم میلش، به تدریج از مرزها گذشت و حقیقت‌جویان و موسیقی‌دانان مختلفی را به دیدارش کشاند. اما آوازه‌ و تحسین‌ها هرگز خلوت دل و آرامش درونش را تحت تأثیر قرار نداد. با این که موسیقی‌دانانِ بنامی او را ستودند، ولی او از تظاهر و شهرت به قدری حذر داشت که هرگز در ملأ عام ننواخت و سخنرانی و کنفرانسی در معرفی اندیشه و مشی فکری‌اش ارائه نداد. تنها جست‌وجوگرانی را که مشتاق حقیقت بودند راهنمایی می‌کرد. او تا لحظه‌ی ترک عالم خاکی در حال کار معنوی و تحقق بخشیدن به کیمیای درونش بود، امری که بنا به گفته‌ی خود سبب الحاق قطره‌ی نَم وجود به یم لایتناهی الهی می‌شود.

دیگر علاقه‌ای در اینجا ندارم و آماده‌ی لبیک گفتن هستم.

زندگانی استثنایی کسی که از پنج سالگی، سرنوشت، سرشت او را با معنویتی خالص عجین کرده بود در ۲۷ مهر ماه ۱۳۵۳ شمسی (۱۹ اکتبر ۱۹۷۴م) در کره‌ی خاک به پایان رسید و زندگی واقعی‌اش در ابعادی که خود به آن اعتقادی قوی داشت، ادامه یافت. استاد در تهران، در سن ۷۹ سالگی در منزل خود قالب خاکی را ترک گفت. از آنجا که قبلاً اشاره کرده بود، پیکرش در هشتگرد به خاک سپرده شد و بعداً بنایی ساده بر مزارش ساخته شد.

هشت سال بعد، در پی آشوب‌ها و بی‌قانونی‌های سال‌های اولیه‌ی انقلاب اسلامی در ایران، در تیر ماه سال ۱۳۶۱ شمسی (۱۹۸۲م)، مخالفان همیشگی‌اش محملی تازه برای بروز خصومتشان یافتند. آن‌ها با پشتیبانی برخی نیروهای غیر مسئول، به قصد اهانت به پیکر استاد دست به تخریب مزارش زدند. اما در همان حال، بر طبق یکی دیگر از گفته‌هایش که پیکر اولیای واصل در زمین نمی‌ماند، جز صندوق چوبی و پتویی که پیکرش در آن پیچیده شده بود، چیزی نیافتند. این پدیده‌ی حیرت‌آور در چشم شاگردانش، چندان حیرتی برنینگیخت که در نزد دیگران. برای کسانی که با اندیشه و حیطه‌ی نامحدود معنویت او آشنا بودند، این گویی خود عینیت بخشیدن به یکی دیگر از مفاهیم معنوی‌اش بود. دو سال بعد، با اجازه‌ی رسمی، مجدداً بنایی در همان جا ساخته شد. اینک، نظرگاه استاد الهی مکانی است برای جویندگانی که در جست‌وجوی فضایی معنوی برای مراقبه و راز و نیاز با معبود حقیقی هستند.